La collection égyptienne du Musée des Confluences provient du musée Guimet de Lyon (1879-1883, 1913-1978) : les collections sont constituées entre 1879 et 1968, avant d’être fusionnées en 1978 avec celles du muséum d’histoire naturelle de Lyon. Elles comprennent l’ensemble des œuvres propres au musée Guimet de Lyon, ainsi que celles issues des dépôts du musée Guimet de Paris (aujourd’hui le musée national des arts asiatiques Guimet) entre 1913 et les années 1930.

La collection d’égyptologie compte environ 4 900 objets.
L'essentiel provient des prospections en Égypte du muséum d'histoire naturelle de Lyon, avec Louis Lortet (directeur entre 1870 et 1909) et Claude Gaillard (directeur entre 1909 et 1939). Des fouilles ont lieu en 1906 avec Gaillard et Lortet, en 1907-1908 à Karnak avec Lortet, en 1923 à Kom Ombo. Ernest Chantre, sous-directeur du muséum de 1879 à 1909, enrichit également la collection égyptienne de silex.

Des collaborations étroites se nouent entre Louis Lortet et l'égyptologue Gaston Maspéro, directeur du Service des Antiquités égyptiennes, qui permettent à chacun d'étudier leurs fouilles respectives. A l'issue de ses fouilles à Antinoë, Albert Gayet procure de son côté au musée une centaine de tissus et une dizaine de momies humaines. La collection s’enrichit également grâce à quelques dons et achats.

La collection égyptienne du musée Guimet concerne davantage la période de l'Ancien et du Nouvel Empire : certaines pièces proviennent des fouilles de Koptos effectuées en 1910-1911 par R. Weill et Adolphe Reinach. Lors du partage des collections Guimet en 1978, une majorité de pièces revient au Musée des Beaux-Arts de Lyon, tandis que restent au muséum d'histoire naturelle de Lyon des pièces tardives de la Basse Époque. C'est grâce à ces fouilles et à ces collaborations que le musée des Confluences possède aujourd'hui environ 2 500 momies animales, qui constituent la collection la plus riche au monde après celle du musée du Caire : cette collection fait l'objet aujourd'hui du projet de recherche MAHES, qui a notamment impliqué de radiographier l'ensemble des momies. Le musée conserve également une belle collection pré-dynastique issue des fouilles des nécropoles d'Abydos et de Nagada : vases en céramique rouge, palettes à fard, statuettes d’hommes et de femmes « dansants », sans oublier les deux célébrités que sont les deux hommes barbus.
Les vases en terre cuite, rouge à bord noir, sans motif, provient d'une fouille d'Ernest Chantre, sous-directeur du muséum d'histoire naturelle de Lyon entre 1879 et 1909, sur le site de Khozam en Haute-Egypte en 1899.

Les nombreuses pièces de cette vitrine appartiennent aux périodes de Nagada I, Nagada II et Nagada III.
Vases de la période de Nagada.
Vases de la période de Nagada.
Vase décoré de trois figures animales (époque prédynastique, Nagada), le vase provient de Khozam (Haute-Egypte), 3800 à 3100 av. J.
Vase de la période de Nagada décoré d'animaux du désert.
Vase de la période de Nagada décoré d'une barque.
Vase de la période de Nagada décoré d'une barque.
Vase de la période de Nagada.
Vitrine avec des vases en terre cuite, en pierre, des palettes, deux hommes barbus, des couteaux, des figurines de femmes...etc.
Vases de la période de Nagada en terre cuite et en pierre.
Vase de la période de Nagada en terre cuite et décoré.
Vases de la période de Nagada en pierre.
Vases de la période de Nagada en pierre.
Vases de la période de Nagada en pierre.
Vases de la période de Nagada en pierre.
Récipient en marbre sous la forme d'une barque.
Une grenouille en pierre.
Cette collection d'égyptologie a fait l'objet de nombreux prêts et expositions : un des hommes barbus a ainsi été exposé récemment au Louvre-Lens dans l'exposition Formes. Elle a également donné lieu à de nombreuses recherches : la collection d'une cinquantaine de momies humaines permet par exemple de brosser l’évolution des techniques de momification, de la période prédynastique (momies desséchées naturellement) jusqu’aux Ve-VIIe siècles après J.-C. avec les momies d’Antinoë.
Statue d'homme barbu provenant de Gebelin en Haute Egypte et datant de Nagada I.
Dimensions : H : 50 cm, L : 13,5 cm, Profondeur : 12,7 cm
Poids : 9,558 kg et le matériau est de la brèche.
Statue d'homme barbu provenant de Gebelin en Haute Egypte et datant de Nagada I.
Dimensions : H : 31,5 cm, L : 7 cm, Profondeur : 5 cm
Poids : 1,496 kg et le matériau est du schiste métamorphique.