Lors du pillage de Karnak les mâts, mais aussi les battants des portes des pylônes, furent brûlés, ce qui occasionna l'éclatement des parties des édifices en contact avec la forte chaleur dégagée. C'est pour cette raison que l'entrée du premier et deuxième pylône ; les colonnes de la salle hypostyle qui jouxtaient les éléments en bois éclatèrent, ce qui engendra plus tard une reconstruction ou une réparation.
Le troisième pylône marque, avec les obélisques qui lui font face en avant du quatrième pylône (à gauche), la croisée des deux axes majeurs du grand temple. Une sorte de cour se trouvait définie à cet emplacement; renfermée au Sud vers l'axe royal des processions méridionales, le temple de Mout; et au Nord vers le temple de Montou qui était associé aux liturgies d'Amon.
Au cœur de cette cour, plusieurs paires d'obélisques marquèrent à la fois l'entrée vers la demeure secrète du dieu et la rencontre des directions cardinales du monde, sur lesquelles régnait Amon. De ces obélisques, un seul subsiste aujourd'hui, il se trouvait à l'origine au Sud dans la paire érigée sous Thoutmosis Ier, au début de la XVIIIe dynastie.
L'obélisque de Thoutmosis Ier entre le troisième et quatrième pylône.
La salle hypostyle, le troisième et quatrième pylône et le socle d'un obélisque de Thoutmosis Ier.
Le mur Est de la salle hypostyle, à gauche le socle d'un obélisque de Thoutmosis Ier et à droite un fragment de cet obélisque.
Socle d'un obélisque.
Le mur Est de la salle hypostyle et un fragment de l'obélisque de Thoutmosis Ier.
fragment de l'obélisque de Thoutmosis Ier.
Cartouche du roi.
Le mur Est de la salle hypostyle et le troisième pylône.
Le troisième pylône.
Le troisième pylône à l'Est de la salle hypostyle.
Colonnes et fenêtres à claustra.
Le môle Sud du quatrième pylône.
Le quatrième pylône et la porte qui conduit vers l'Est, vers le soleil levant.
La partie nord de l'avant porte du quatrième pylône où nous trouvons le roi Menkheperourê, Thoutmosis IV devant le dieu Amon.
La partie nord de l'avant porte du quatrième pylône nous montre le roi Thoutmosis IV, coiffé de plusieurs couronnes, et apportant des offrandes au dieu Amon.
La quasi-totalité des espaces saints qui font suite au Vème pylône porte lourdement le témoignage de l'histoire mouvementée des Thoutmosides.
Les Vème et VIème pylône sont très rapprochés, ils correspondent à la fermeture de plus en plus hermétique des espaces.
Le sol des différentes pièces, qui composent l'espace sacré d'Amon, était pavé de dalles.
Le sol des différentes pièces, qui composent l'espace sacré d'Amon, était pavé de dalles.
L'obélisque de Thoutmosis Ier et son socle.
Il est le seul qui ait subsisté au croisement des deux axes du développement du temple. Il exista à cet endroit jusqu'à six obélisques, se dressant au milieu de ce qui était la grande cour de fêtes du temple d'Amon.
Historiquement le IVème pylône correspond à la façade du temple d'Amon proprement dit appelé Ipet Sout. Le IVème pylône fut bâti en calcaire sur un noyau de grès, sous Thoutmosis Ier, au début du Nouvel Empire. Les parements de la façade occidentale sont très détériorés : arrachés de leur support, ils ont, comme tout ce qui ressemble à du calcaire dans Karnak, connu la masse du carrier médiéval, et leurs éclats, cuits sur place, ont fourni à bon compte la chaux qui blanchit maisons et mosquées de Louqsor au Moyen Age. Souvent aussi, le granit suit un sort voisin : linteaux, seuils, obélisques, colosses furent débités pour fabriquer des meules de moulins à huile ou à blé. Dépouillée de nombreux blocs, toute la partie antérieure de la demeure d'Amon est devenue difficilement intelligible aujourd'hui. La quasi-totalité des espaces saints qui font suite au IVème pylône porte lourdement l'histoire mouvementée des Thoutmosides et des modifications profondes qu'ils apportèrent à la demeure d'Amon. La porte du IVème pylône débouche sur une sorte de vestibule que les textes égyptiens nommaient Ouadjyt, "la verdoyante" ou "celle des colonnes-papyrus". Seule la base des fûts demeurent en place et rappellent que l'ensemble était couvert et semi-obscur, malgré la présence d'une paire d'obélisque. Seul subsiste celui du Nord, ce vestibule a subi une série de remaniements et de changement d'utilisation. Royal à l'origine, avec les colosses de Thoutmosis Ier dressés contre les murs latéraux, le vestibule d'intronisation et de montée royale qu'était l'Ouadjyt devint sous Hatshepsout une cour où elle fit dresser ses obélisques. Le successeur de la reine, Thoutmosis III, fit mettre en place une porte axiale qui engloba et masqua la base et les parties inférieures des obélisques de la reine. Le roi rétablit une salle couverte à cet emplacement, cachant ainsi les obélisques de la reine lors des processions à travers les salles du temple.
Socle de l'obélisque de Thoutmosis Ier.
Obélisque de Thoutmosis Ier.
L'obélisque de Thoutmosis Ier en granit, comme tous les grands obélisques.
L'obélisque de Thoutmosis Ier mesure 21,80 mètres pour un poids estimé à 130 tonnes.
 L'obélisque du roi est plus abîmé que celui de sa fille, des angles ont éclaté par endroit.
L'obélisque de Thoutmosis Ier.
L'obélisque de Thoutmosis Ier et son pyramidion.
L'obélisque de la reine Hatchepsout, la fille de Thoutmosis Ier.
Les deux obélisques de Karnak encore debout : celui de Thoutmosis Ier, et à droite celui de la reine Hatchepsout.
Les deux obélisques de Karnak encore debout : celui de Thoutmosis Ier, et à droite celui de la reine Hatchepsout.